自朱由校从天津出海到现在已经过去26天了，大明过了足将一个月没有皇帝的日子，百官安居乐业，那么多清闲。
而朱由校此时正在赶往福建的路上，伴随着南直隶的水师部队护航。群臣当初拒绝南巡计划中的一大原因就是太危险：福建沿海现在并不安全，大明与荷兰人还处于战争状态。
荷兰第二次占领澎湖后，因记恨之前自己的通商请求未被明政府同意，为报复上次的失败（万历年间），继而对整个澎湖地区大肆烧杀抢夺。他们在澎湖地区俘获了大量的百姓，逼迫百姓协助他们构建堡垒；而现在堡垒已经建好，他们就打算把这些中国百姓做奴隶卖到东南亚各地区，种种行为尽显其海盗本色。
起初大明政府内部对于如何看待荷兰人的入侵上有着较大的分歧。一些人认为荷兰入侵澎湖，主要是为了逼迫明政府与其通商，只要允许他们在中国境内通商即可解决问题。
而其中的代表人物，刑部官员王临亨更是认为，只要荷兰人愿意归还澎湖，不仅可以让他们在香山一带经商，其他港口也可为他们开放。
朱由校本来就已经下令开关，鼓励中国百姓出海贸易，那向外国商人开放港口自然也是应有之义，只不过他想徐徐图之，况且各地市舶司等机构已经停顿百年，重新构建需要时间，所以现在还没有进行。
可是人就是这样奇怪的事情。有些事情我主动做可以，但你逼我就绝不行。朱由校是绝对不可能向荷兰人妥协的，如果条件允许的话，他甚至打算和西班牙或葡萄牙人联合在东亚对荷兰人进行贸易封锁，以作为报复手段。
而另一部分官员认为，荷兰人之前的通商请求，不过是为了占领澎湖而编造的理由。沈厉声上书称“荷人断想是元怀作反之意。”
而南居益则也此表示认同，若不开战将荷兰人驱除出澎湖，明廷颜面何在？到时候整个大名的国际影响力与地位会受到极大的冲击，打得一拳开才能免得百拳来。
明代的外交政策一贯是以强硬为主的，打得过就往死里打，打不过也要争口气！所以才在现代有“刚明”的戏称；当然，这样的负面影响也很大：首先是外交政策完全没有弹性；而且由于对宋朝历史PDST，明政府对于“强硬外交形象”的追求甚至高过于实际现实本身。
一旦有人宣扬要在外交上妥协，哪怕这是符合当下现实利益的，也会被千夫所指，彻底失掉政治前途。
朱由校甚至收到了一些激进派官员的上书，将宋理宗时期因放任蒙古人在想让城外建立互市市场，最终导致宋朝灭亡的例子来影射荷明处境。如果他敢同意与荷兰人开放通商口岸，那第二天就得有一群大臣过来逼宫，不过朱由校本身也不会这么做就是了。
福建地方官员陈士瑛已经和荷兰军队提前有了谈判，荷兰向明政府提出了三点要求：第一，开放沿海城市通商;第二，割让澎湖;第三，明政府应即刻停止与西、葡两国的贸易与邦交。荷兰人在谈判过程中甚至还大放厥词：“若不允市，必动干戈。”
消息传回京城，群情基础，这也更让朱由校明白，中荷开战，迫在眉睫。所以在京城时，他一槌定音，将南居益调任福建巡抚，主持战争事宜，并命令其与俞咨皋合作即刻光复澎湖。
俞咨皋与南居益两人比朱由校出发早几日，又是直来直往，回到福建只用了不到5天。但这两个人的压力特别大，只能尽力在皇帝到来之前将这件事情解决，至少要保证南巡航线的安全。
荷兰人的战舰现在已经封锁了漳州海口，明朝福建海军主力无法出动，南、俞两人意识到，此时唯有出其方能致胜。天启二年11月15日，南居益故意邀请荷兰人前往厦门谈判，在宴会上囚禁荷兰代表团，并乘机出兵袭击烧毁了入侵明朝沿海的荷兰战舰，如此漳州之围方解。大明福建海军舰队可以成功出港，暂时性的从荷兰人手里夺回了部分控海权。